Shinkansen-Expresszüge verkehren nur vom Bahnhof Tokio-Mitte, von dem Pendlerzüge und U-Bahnen in alle Gegenden der Stadt abfahren. Shinkansen-Expresszüge fahren nach Nord-Japan, Niigata am Japanischen Meer, Nagano im Zentralgebirge, Nagoya, Osaka, Kyoto und Hiroshima sowie nach Fukuoka auf der südlichen Insel Kyushu. Es gibt mehrere Verbindungen pro Stunde. Die Fahrzeit nach Kyoto und Osaka beträgt etwa drei Stunden, nach Fukuoka sechs Stunden.

Tokio-Mitte liegt sehr zentral in der Gegend Marunouchi/Ginza und kann mit zahlreichen Zügen und U-Bahnen erreicht werden, u. a. mit der JR-Yamanote-Ringlinie. An dieser Linie liegen auch die Bahnhöfe Ikebukuro, Shibuya, Shinjuku und Ueno.

Die Verbindungen des ausgedehnten Bahnnetzes der Japan Railways (JR) sind außergewöhnlich effizient und pünktlich und (außer zu den Stoßzeiten und an gesetzlichen Feiertagen) sehr angenehm zu benutzen. Die Züge im Raum Tokio und in Nordjapan stehen unter der Leitung der JR East (Tel: (050) 20 16 16 03. Internet: www.jreast.co.jp/e/index.html), während die Superexpresszüge Shinkansen auf der Tokaido-Linie zwischen Tokio und Nagoya, Kyoto, Osaka und Fukuoka von der JR Central (Tel: (03) 58 18 35 10. Internet: http://jr-central.co.jp/english.nsf/) betrieben werden.



Tokio verfügt über mehrere große Bahnhöfe, der größte und Knotenpunkt der Stadt ist Tokio-Mitte in Marunouchi, Chiyoda-ku, während die Bahnhöfe Ikebukuro, Shibuya, Shinjuku und Ueno die Vororte bedienen. Außer der Japan Railways gibt es noch eine Reihe privater Bahngesellschaften, welche die Pendlerzüge in die Vororte von Tokio und das ausgedehnte und praktische U-Bahnnetz betreiben (Internet: www.tokyometro.jp/e/).



Außer den kleinsten Bahnhöfen verfügen alle über Münzschließfächer und Kioske mit Zeitungen und Snacks. Der Bahnhof in Marunouchi verfügt außerdem über ein Kaufhaus und ein Hotel. Für die Shinkansen-Expresszüge und einige andere Schnellzüge ist es den Passagieren freigestellt, ob sie Sitzplätze reservieren möchten. In einigen Zügen werden auch die grünen Waggons der ersten Klasse eingesetzt. Für Fahrten mit den Shinkansen-Expresszügen und bei Langstreckenverbindungen über die Feiertage sollten allerdings rechtzeitig Reservierungen vorgenommen werden (an den größeren Bahnhöfen). Lange Bahnfahrten sind teuer, möchte man das Bahnnetz allerdings sehr häufig benutzen, so bietet der Japan Rail Pass (Internet: www.japanrailpass.net) ein ausgezeichnetes Preis-/Leistungsverhältnis. Dieser Touristen-Pass kann allerdings nur vor der Ankunft in Japan gekauft werden und ist ausschließlich für nicht in Japan ansässige ausländische Touristen verfügbar. Der Japan Rail Pass wird in den meisten größeren Reisebüros in Deutschland, Österreich und der Schweiz verkauft.