Landesweit besteht von April bis Oktober das Übertragungsrisiko von Borreliose/Lymekrankheit durch Zecken v.a. in Gräsern, Sträuchern und im Unterholz. Schutz bieten hautbedeckende Kleidung und insektenabweisende Mittel.

Auch die Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME) wird durch Zecken übertragen. Gegen diese Krankheit ist eine Impfung möglich.

Hepatitis A und Hepatitis B kommen landesweit vor. Eine Hepatitis A-Schutzimpfung wird generell empfohlen. Die Impfung gegen Hepatitis B sollte bei längerem Aufenthalt und engem Kontakt zur einheimischen Bevölkerung sowie allgemein bei Kindern und Jugendlichen erfolgen.

Die durch Schmetterlingsmücken übertragene Leishmaniose kommt im Sommer und Herbst in den Küstenregionen im Süden und auf den Inseln vor. Schutz bieten hautbedeckende Kleidung und insektenabweisende Mittel.

Tollwut kommt landesweit vor. Überträger sind u.a. Hunde, Katzen, Waldtiere und Fledermäuse. Für Rucksackreisende, Kinder, berufliche Risikogruppen und bei längeren Aufenthalten wird eine Impfung empfohlen. Bei Bisswunden so schnell wie möglich ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen.

Für Staatsangehörige der EU- und EFTA-Länder gilt die Europäische Krankenversicherungskarte (EHIC) bzw. eine provisorische Ersatzbescheinigung (PEB). Bis zum 31.12.2009 darf noch der von der Krankenkasse ausgestellte Vordruck HR/D 111 verwendet werden. Die EHIC regelt die Versorgung und Kostenrückerstattung beim Krankheitsfall für EU- und EFTA-Staatsbürger.

Neben niedergelassenen Ärzten existieren vielerorts Polikliniken ("Dom Zdravlja").

In der EHIC ist kein Rücktransport nach einer schweren Erkrankung oder einem Unfall im Ausland enthalten. Die gesetzlichen Krankenkassen dürfen diese Leistung nicht anbieten. Einen Rücktransport bezahlen nur private Reiseversicherungen. Es wird deshalb empfohlen für die Dauer des Aufenthalts eine Auslandsreise-Krankenversicherung abzuschließen, die Risiken abdeckt, die von den gesetzlichen Krankenkassen nicht übernommen werden.

Auch Kroatien ist die Vogelgrippe aufgetreten

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Reisende sollen sich von Geflügel fernhalten und jeglichen Kontakt mit lebenden und toten Tieren meiden. Auf den Verzehr von rohen Geflügelgerichte und Eiern sollte verzichtet werden. Gut durchgekocht können Geflügelspeisen und Eier jedoch bedenkenlos genossen werden. Generell wird als Vorsichtsmaßnahme eine gründliche Reinigung der Hände mit Wasser und Seife oder auch alkoholischen Händedesinfektionslösungen empfohlen.

[1] Typhus kann vorkommen, Poliomyelitis nicht. Eine Typhusimpfung wird bei Rucksackreisen und Langzeitaufenthalten empfohlen.

[2] Leitungswasser ist normalerweise gechlort und relativ sauber, es können jedoch leichte Magenverstimmungen auftreten. Für die ersten Wochen des Aufenthalts wird daher abgefülltes Wasser empfohlen, welches überall erhältlich ist. Beim Kauf von abgepacktem Wasser sollte darauf geachtet werden, dass die Original-Verpackung nicht angebrochen ist. Vorsicht beim Verzehr von unzureichend gegartem Schweinefleisch (in z.B. Hackfleisch-Spießen und Würsten). Aus verschiedenen Regionen des Landes werden Trichinose-Erkrankungen (Wurmerkrankung) ganzjährig gemeldet. Bei vollständig durchgebratenen oder abgekochten Fleisch besteht kein Infektionsrisiko.