Landesweit besteht das Übertragungsrisiko von Borreliose durch Zecken v.a. in Gräsern, Sträuchern und im Unterholz. Hauptübertragungszeit ist April bis Oktober. Schutz bieten hautbedeckende Kleidung und insektenabweisende Mittel.

Auch die Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME) wird von April bis Oktober durch Zecken übertragen. Sie kommen insbesondere im Osten zwischen Save und Drau vor. Hier ist zusätzlich zu den oben genannten Schutzmaßnahmen eine Impfung möglich.

Hepatitis A und Hepatitis B kommen vor. Eine Hepatitis A-Schutzimpfung wird generell empfohlen. Die Impfung gegen Hepatitis B sollte bei längerem Aufenthalt und engem Kontakt zur einheimischen Bevölkerung sowie allgemein bei Kindern und Jugendlichen erfolgen.

Tollwut kommt vor. Hauptüberträger sind Hunde, Katzen, Waldtiere und Fledermäuse. Für Rucksackreisende, Kinder, berufliche Risikogruppen und bei längeren Aufenthalten wird eine Impfung empfohlen. Bei Bisswunden so schnell wie möglich ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen.

Für Staatsangehörige der EU- und EFTA-Länder gilt die Europäische Krankenversicherungskarte (EHIC). Die EHIC regelt die Versorgung und Kostenrückerstattung beim Krankheitsfall für EU- und EFTA-Staatsbürger. EHIC-Inhaber wenden sich im Krankheitsfall direkt an eine öffentliche Gesundheitseinrichtung oder an einen Vertragsarzt. Adressen von Vertragsärzten sind bei den Regionalstellen der slowenischen Krankenversicherungsanstalt (Obmocna enota Zavoda za zdravstveno zararovanje Slovenije - ZZZS. Internet: www.zzzs.si) erhältlich.

In der EHIC ist kein Rücktransport nach einer schweren Erkrankung oder einem Unfall im Ausland enthalten. Die gesetzlichen Krankenkassen dürfen diese Leistung nicht anbieten. Einen Rücktransport bezahlen nur private Reiseversicherungen. Es wird deshalb empfohlen für die Dauer des Aufenthalts eine Auslandsreise-Krankenversicherung abzuschließen, die Risiken abdeckt, die von den gesetzlichen Krankenkassen nicht übernommen werden.

Die medizinische Versorgung in den Großstädten ist zufriedenstellend, fernab von den Hauptverkehrswegen jedoch eher schwach ausgeprägt. Das Rettungssystem funktioniert im Allgemeinen gut. Notfälle müssen zumeist in die beiden Großkliniken in Ljubljana und Maribor verbracht werden. Hier sind alle modernen Untersuchungsmethoden und -geräte vorhanden.

Medikamentenengpässe sind nicht zu beobachten. Eigene Medikamente sollten jedoch mitgebracht werden.

In Slowenien fielen Mitte Februar 2006 Tests auf das H5N1-Virus bei einem Schwan erstmals positiv aus.

Reisende sollen sich von Geflügel fernhalten und jeglichen Kontakt mit lebenden und toten Tieren meiden. Auf den Verzehr von rohen Geflügelgerichte und Eiern sollte verzichtet werden. Gut durchgekocht können Geflügelspeisen und Eier jedoch bedenkenlos genossen werden. Generell wird als Vorsichtsmaßnahme eine gründliche Reinigung der Hände mit Wasser und Seife oder auch alkoholischen Händedesinfektionslösungen empfohlen.