Landesweit besteht von April bis Oktober das Übertragungsrisiko von Borreliose/Lymekrankheit durch Zecken v.a. in Gräsern, Sträuchern und im Unterholz. Schutz bieten hautbedeckende Kleidung und insektenabweisende Mittel.

Auch die Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME) wird landesweit, vor allem in den Flussniederungen, durch Zecken übertragen. Betroffen sind vor allem die Region südlich von Prag, der Norden bis zur sächsischen Grenze, der Osthang des Böhmerwaldes (Lippenstausee), das Gebiet um Ostrava sowie von Böhmen und Mähren bis nach Österreich. Gegen diese Krankheit ist eine Impfung möglich.

Hepatitis A und Hepatitis B kommen landesweit vor. Eine Hepatitis A-Schutzimpfung wird generell empfohlen. Die Impfung gegen Hepatitis B sollte bei längerem Aufenthalt und engem Kontakt zur einheimischen Bevölkerung sowie allgemein bei Kindern und Jugendlichen erfolgen.

Tollwut kommt landesweit vor. Überträger sind u.a. Hunde, Katzen, Waldtiere und Fledermäuse. Für Rucksackreisende, Kinder, berufliche Risikogruppen und bei längeren Aufenthalten wird eine Impfung empfohlen. Bei Bisswunden so schnell wie möglich ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen.

Für Staatsangehörige der EU- und EFTA-Länder gilt die Europäische Krankenversicherungskarte (EHIC). Die EHIC regelt die Versorgung und Kostenrückerstattung beim Krankheitsfall für EU- und EFTA-Staatsbürger. Im Krankheitsfall wenden sich EHIC-Inhaber an einen Vertragsarzt. Auskünfte über Vertragsärzte in der näheren Umgebung sind bei den örtlichen Krankenkassen erhältlich.

In der EHIC ist kein Rücktransport nach einer schweren Erkrankung oder einem Unfall im Ausland enthalten. Die gesetzlichen Krankenkassen dürfen diese Leistung nicht anbieten. Einen Rücktransport bezahlen nur private Reiseversicherungen. Es wird deshalb empfohlen für die Dauer des Aufenthalts eine Auslandsreise-Krankenversicherung abzuschließen, die Risiken abdeckt, die von den gesetzlichen Krankenkassen nicht übernommen werden.

Das Niveau der medizinischen Einrichtungen ist in der Regel befriedigend.

Etwa 1.800 Truthähne einer Geflügelfarm im Usti nad Orlici-Distrikt von Ost-Böhmen sind im Juni 2007 plötzlich verendet, die restlichen 4.200 Tiere wurden vorsorglich getötet. Inzwischen wurde Influenza A(H5N1) als Ursache nachgewiesen. Die Vogelgrippe hatte Ende März 2006 erstmals die Tschechische Republik erreicht.

Reisende sollen sich von Geflügel fernhalten und jeglichen Kontakt mit lebenden und toten Tieren meiden. Auf den Verzehr von rohen Geflügelgerichte und Eiern sollte verzichtet werden. Gut durchgekocht können Geflügelspeisen und Eier jedoch bedenkenlos genossen werden.

Generell wird als Vorsichtsmaßnahme eine gründliche Reinigung der Hände mit Wasser und Seife oder auch alkoholischen Händedesinfektionslösungen empfohlen.